Curriculum VitaeÖzgeçmiş

Tuna Birgün

EducationEğitim

MSc — Molecular Biology-Genetics and Biotechnology (major: Biotechnology)

Istanbul Technical University, Faculty of Science and Letters

BSc — Bioengineering

Marmara University, Faculty of Engineering

Yüksek lisans — Moleküler Biyoloji-Genetik ve Biyoteknoloji (uzmanlık: Biyoteknoloji)

İstanbul Teknik Üniversitesi, Fen-Edebiyat Fakültesi

Lisans — Biyomühendislik

Marmara Üniversitesi, Mühendislik Fakültesi

Positions & experienceGörevler ve deneyim

Research Assistant

Istanbul Yeni Yuzyil University, Faculty of Arts and Sciences, Department of Molecular Biology and Genetics

Bioinformatics Analyst (intern)

AxanLab, Gebze Technical University, Gebze, Kocaeli

Single-cell and single-nucleus RNA-seq (sc/snRNA-seq) of Huntington's disease model organisms — analyzing, integrating, and investigating large datasets on high-performance computing (HPC) systems.

Laboratory Assistant (intern)

Istanbul Yeni Yuzyil University

Studied mycotoxin effects of fungi (especially Fusarium graminearum) on wheat and barley samples sourced worldwide; used quantitative PCR (qPCR) and RNA/DNA/protein isolation, and performed genetic modification of microorganisms.

Araştırma Görevlisi

İstanbul Yeni Yüzyıl Üniversitesi, Fen-Edebiyat Fakültesi, Moleküler Biyoloji ve Genetik Bölümü

Biyoinformatik Analisti (stajyer)

AxanLab, Gebze Teknik Üniversitesi, Gebze, Kocaeli

Huntington hastalığı model organizmalarının tek hücreli ve tek çekirdekli RNA-seq (sc/snRNA-seq) analizi — yüksek başarımlı hesaplama (HPC) sistemlerinde büyük veri kümelerini analiz etme, birleştirme ve inceleme.

Laboratuvar Asistanı (stajyer)

İstanbul Yeni Yüzyıl Üniversitesi

Dünya genelinden temin edilen buğday ve arpa örnekleri üzerinde mantarların (özellikle Fusarium graminearum) mikotoksin etkilerini inceledim; kantitatif PCR (qPCR) ve RNA/DNA/protein izolasyonu kullandım, mikroorganizmalarda genetik modifikasyon gerçekleştirdim.

Research group membershipsAraştırma grubu üyelikleri

MayaLab (Yeast Research Laboratory)

Istanbul Technical University

Bioinformatics Research Group (BaysanLab)

Istanbul Technical University

MayaLab (Maya Araştırma Laboratuvarı)

İstanbul Teknik Üniversitesi

Biyoinformatik Araştırma Grubu (BaysanLab)

İstanbul Teknik Üniversitesi

Conference presentationsKonferans bildirileri

  1. 1. Birgün, T., Topaloğlu, A., Esen, Ö., Baysan, M., & Çakar, Z. P. (2026, May 11–13). Genomic analysis of multiple stress-resistant Saccharomyces cerevisiae strains obtained by inverse metabolic engineering [Full-text conference presentation]. The International Graduate Research Symposium (IGRS), İstanbul, Türkiye.
  2. 2. Orhan, B., Birgün, T., & Yörük, E. (2025, December 17–19). Biyokontrol ajanlarının etkisi altındaki Fusarium spp.'de transkriptomik incelemeler [Conference presentation, summary, p. 210]. 8th International Eurasian Conference on Biological and Chemical Sciences (EurasianBioChem 2025), Ankara, Türkiye.
  3. 3. Sönmez, E., Birgün, T., & Çimen, H. (2024, October 11–12). Cell-specific prediction of protein–protein interaction networks in Huntington's disease [Full-text conference presentation]. 6th TuPA International Proteomics Congress, Kocaeli, Türkiye.

CertificatesSertifikalar

Teaching the AI Fluency Framework

Anthropic

Python for Genomic Data Science

Johns Hopkins University

Introduction to Genomic Technologies

Johns Hopkins University

Teaching the AI Fluency Framework

Anthropic

Python for Genomic Data Science

Johns Hopkins Üniversitesi

Introduction to Genomic Technologies

Johns Hopkins Üniversitesi

LanguagesDiller

Turkish — native. English — C1 (Advanced).

Türkçe — ana dil. İngilizce — C1 (İleri).

VolunteeringGönüllü çalışmalar

Volunteer — Foundation for the Support of Women's Work (Kadın Emeğini Değerlendirme Vakfı, KEDV)

Civil rights and social action.

Volunteer — Association for the Support of Contemporary Living (Çağdaş Yaşamı Destekleme Derneği, ÇYDD)

Education.

Gönüllü — Kadın Emeğini Değerlendirme Vakfı (KEDV)

Sivil haklar ve toplumsal eylem.

Gönüllü — Çağdaş Yaşamı Destekleme Derneği (ÇYDD)

Eğitim.

Research areasAraştırma alanları

Bioinformatics · biotechnology · molecular biology and genetics · genetics and heredity · biochemistry and molecular biology · evolutionary biology.

Biyoinformatik · biyoteknoloji · moleküler biyoloji ve genetik · genetik ve kalıtım · biyokimya ve moleküler biyoloji · evrimsel biyoloji.

Contactİletişim

AcademicAkademik tuna.birgun@yeniyuzyil.edu.tr

PersonalKişisel tunabirgun@gmail.com